Cơ cấu và lưu ý pháp lý 2026 trong quan hệ công ty mẹ nước ngoài và công ty con tại Việt Nam

Trong quan hệ công ty mẹ nước ngoài và công ty con tại Việt Nam, nhiều tập đoàn vẫn quen điều hành công ty con như một chi nhánh nội bộ. Nhưng công ty con là một pháp nhân độc lập, và chỉ một khoản vay nội bộ, một lần định giá dịch vụ hay một hồ sơ kê khai thiếu cũng đủ dẫn tới truy thu thuế, loại chi phí được trừ hoặc vô hiệu hồ sơ đăng ký. Năm 2026, khi Luật Đầu tư mới có hiệu lực và nghĩa vụ kê khai chủ sở hữu hưởng lợi bắt đầu áp dụng, đây là những lưu ý đáng rà lại từ gốc.

Công ty mẹ có thật sự nắm quyền điều hành công ty con theo cách tập đoàn vẫn nghĩ, hay quyền đó bị giới hạn bởi pháp luật Việt Nam? Những giao dịch quen thuộc giữa mẹ và con như cho vay vốn, tính phí quản lý, chuyển giao công nghệ liệu có an toàn trước quy định về giao dịch liên kết? Và với Luật Đầu tư 2025 có hiệu lực từ ngày 01/3/2026 cùng nghĩa vụ kê khai chủ sở hữu hưởng lợi, doanh nghiệp có vốn nước ngoài cần chuẩn bị lại những gì cho năm nay? Đây là các câu hỏi mà phần lớn chủ doanh nghiệp FDI đang đặt ra, thường không phải vì họ làm sai, mà vì quy định thay đổi nhanh hơn khả năng cập nhật của một doanh nghiệp chưa có bộ phận pháp lý riêng. Bài viết phân tích khung pháp lý của quan hệ mẹ con, cách chọn cơ cấu đầu tư, các nghĩa vụ tuân thủ định kỳ và những rủi ro cần tránh trong năm 2026.

Công ty con tại Việt Nam là pháp nhân độc lập, không phải chi nhánh

Điều đầu tiên cần định vị đúng: dưới góc độ pháp luật Việt Nam, công ty con do nhà đầu tư nước ngoài lập ra là một pháp nhân độc lập, có tài sản riêng và tự chịu trách nhiệm bằng tài sản của mình, chứ không phải một bộ phận nối dài của công ty mẹ. Quan hệ mẹ con được xác định theo Luật Doanh nghiệp dựa trên mức độ chi phối thực tế, không đơn thuần theo cách gọi trong nội bộ tập đoàn.

Điều này nghĩa là gì với bạn: yếu tố quyết định là quyền chi phối, không phải riêng con số sở hữu. Nắm trên 50% vốn điều lệ làm phát sinh đầy đủ quan hệ mẹ con, nhưng ngay cả khi dưới mức đó, quyền bổ nhiệm phần lớn bộ máy quản lý hoặc quyền quyết định sửa Điều lệ cũng đủ để một công ty được coi là công ty mẹ.

Vì hai bên là hai pháp nhân độc lập, luật yêu cầu mọi giao dịch giữa mẹ và con phải được thực hiện sòng phẳng như giữa các bên không liên quan.

Nguyên tắc độc lập này có hệ quả thực tế rất lớn. Nếu công ty mẹ can thiệp ngoài thẩm quyền của một chủ sở hữu hoặc cổ đông, buộc công ty con thực hiện hoạt động kinh doanh trái thông lệ bình thường và gây thiệt hại, công ty mẹ phải chịu trách nhiệm bồi thường cho công ty con. Luật cũng cấm công ty con góp vốn, mua cổ phần ngược lại vào công ty mẹ, và cấm các công ty con của cùng một công ty mẹ sở hữu chéo lẫn nhau. Với tập đoàn có cấu trúc nhiều tầng, đây là ranh giới cần vẽ rõ ngay từ khi thiết kế sơ đồ sở hữu.

Luật Đầu tư 2025 cũng phân loại nhà đầu tư theo một cách đáng lưu ý. Công ty con tại Việt Nam có nhà đầu tư nước ngoài là thành viên hoặc cổ đông được gọi là tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài. Khi tổ chức này có nhà đầu tư nước ngoài nắm trên 50% vốn điều lệ, thì lúc nó tiếp tục góp vốn, mua cổ phần ở doanh nghiệp khác, nó phải theo điều kiện và thủ tục như một nhà đầu tư nước ngoài. Yếu tố nước ngoài vì thế đi xuyên qua từng tầng sở hữu, nên một công ty con cấp hai vẫn có thể mang yếu tố nước ngoài khi mở rộng đầu tư.

Chọn cơ cấu đầu tư và điểm mới của Luật Đầu tư 2025

Khi muốn hiện diện tại Việt Nam qua một công ty con, tập đoàn nước ngoài có hai con đường phổ biến mà Luật Đầu tư 2025 đều ghi nhận: lập công ty con mới (đầu tư thành lập tổ chức kinh tế), hoặc mua lại một doanh nghiệp đang hoạt động (góp vốn, mua cổ phần, mua phần vốn góp).

Với con đường lập công ty con mới, nhà đầu tư nước ngoài phải đáp ứng điều kiện tiếp cận thị trường và thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (thường gọi tắt theo tiếng Anh là IRC) trước khi thành lập. Theo nguyên tắc, nhà đầu tư nước ngoài được đối xử như nhà đầu tư trong nước, trừ các ngành nghề trong Danh mục hạn chế tiếp cận thị trường do Chính phủ công bố. Với những ngành này, luật có thể giới hạn tỷ lệ sở hữu vốn của nhà đầu tư nước ngoài, hình thức đầu tư hoặc phạm vi hoạt động.

Với con đường mua lại, ngoài điều kiện tiếp cận thị trường, nhà đầu tư nước ngoài còn phải lưu ý một thủ tục dễ bị bỏ qua: đăng ký góp vốn, mua cổ phần, mua phần vốn góp trước khi thay đổi thành viên, cổ đông trong một số trường hợp.

Điểm mới lớn nhất của năm 2026 là chính bản thân Luật Đầu tư. Luật Đầu tư 2025, số 143/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/3/2026 và thay thế Luật Đầu tư 2020, riêng Điều 7 và Danh mục ngành, nghề kinh doanh có điều kiện áp dụng từ ngày 01/7/2026. Dự án và giấy phép đã cấp trước ngày luật có hiệu lực vẫn tiếp tục thực hiện theo giấy tờ đã cấp, không phải làm lại thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư. Công ty con đang hoạt động không phải xin lại từ đầu, nhưng mọi bước điều chỉnh, mở rộng hay tái cấu trúc kể từ 2026 sẽ áp theo luật mới. Vì nghị định hướng dẫn luật mới còn đang hoàn thiện, một số thủ tục chi tiết tạm thời áp dụng theo nghị định của luật cũ, nên đây là giai đoạn chuyển tiếp cần theo dõi sát để không nộp nhầm hồ sơ theo mẫu đã hết hiệu lực.

Ba nghĩa vụ tuân thủ định kỳ dễ bị bỏ sót trong năm 2026

Sau khi công ty con đi vào hoạt động, phần lớn rủi ro không nằm ở khâu thành lập mà ở các nghĩa vụ lặp lại hằng năm. Ba nhóm dưới đây là nơi doanh nghiệp có vốn nước ngoài hay vướng nhất, đặc biệt khi chưa có người phụ trách pháp lý theo dõi thường xuyên.

1. Kê khai chủ sở hữu hưởng lợi

Đây là nghĩa vụ hoàn toàn mới, được đưa vào qua Luật sửa đổi Luật Doanh nghiệp năm 2025 và Nghị định 168/2025/NĐ-CP, cùng áp dụng từ ngày 01/7/2025. Chủ sở hữu hưởng lợi luôn là một cá nhân cụ thể, người thật sự sở hữu hoặc chi phối doanh nghiệp, chứ không phải công ty mẹ hay pháp nhân góp vốn.

Với doanh nghiệp có vốn nước ngoài, phần khó là sở hữu gián tiếp: phải nhìn xuyên qua từng tầng công ty mẹ ở nước ngoài để tìm ra cá nhân nắm từ 25% trở lên ở tầng cuối cùng. Doanh nghiệp thành lập trước ngày 01/7/2025 chưa phải kê khai ngay, mà bổ sung thông tin này vào lần đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp gần nhất. Vì vậy, thời điểm dễ vướng nhất chính là lần thay đổi đăng ký sắp tới của công ty con.

2. Giao dịch liên kết và khống chế chi phí lãi vay

Ngay khi công ty mẹ nước ngoài nắm một tỷ lệ vốn đủ lớn, quan hệ mẹ con trở thành quan hệ liên kết dưới góc độ thuế, và mọi giao dịch nội bộ đều thuộc diện quản lý về giá giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Nói cách khác, chỉ cần công ty mẹ nắm từ 25% vốn góp của công ty con, hai bên đã là các bên liên kết. Khi đó doanh nghiệp phải kê khai quan hệ và giao dịch liên kết kèm tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hằng năm, đồng thời lập và lưu giữ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, trừ trường hợp được miễn. Doanh nghiệp có tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong kỳ được miễn lập hồ sơ, nhưng vẫn phải kê khai.

Điểm khiến nhiều công ty con mất tiền oan nhất là trần chi phí lãi vay. Với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, tổng chi phí lãi vay được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay, không được vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần cộng chi phí lãi vay cộng khấu hao trong kỳ. Phần vượt trần bị loại nhưng được chuyển tiếp tối đa 05 năm. Với công ty con được cấp vốn chủ yếu bằng các khoản vay từ công ty mẹ, đây là ngưỡng rất dễ vượt.

3. Chuyển lợi nhuận về công ty mẹ

Luật Đầu tư 2025 bảo đảm nhà đầu tư nước ngoài được chuyển thu nhập từ hoạt động đầu tư kinh doanh ra nước ngoài sau khi hoàn thành nghĩa vụ tài chính với Nhà nước Việt Nam. Nhưng được chuyển không đồng nghĩa với chuyển lúc nào cũng được. Trình tự và điều kiện cụ thể nằm ở Thông tư 186/2010/TT-BTC.

Theo đó, nhà đầu tư nước ngoài chỉ được chuyển lợi nhuận hằng năm sau khi công ty con đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính, đã nộp báo cáo tài chính đã kiểm toán và tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Đặc biệt, nhà đầu tư không được chuyển lợi nhuận của năm phát sinh nếu trên báo cáo tài chính năm đó công ty con vẫn còn lỗ lũy kế sau khi đã chuyển lỗ theo quy định. Và trước mỗi lần chuyển, phải thông báo cho cơ quan thuế.

Ngoài ba nhóm trên, quan hệ mẹ con còn chạm tới ngoại hối và lao động: vốn góp và các khoản vay nước ngoài giữa mẹ và con phải đi qua tài khoản vốn đầu tư, khoản vay trung và dài hạn phải đăng ký với Ngân hàng Nhà nước, còn nhân sự quản lý người nước ngoài do công ty mẹ cử sang cần giấy phép lao động. Đây là các mảng bối cảnh nên rà khi thiết kế dòng vốn và nhân sự.

Rủi ro pháp lý và sai lầm thường gặp trong thực tế

Những vướng mắc dưới đây thường không phải vì doanh nghiệp cố tình làm sai, mà vì công ty con được vận hành theo thói quen của tập đoàn ở nước ngoài, trong khi khung pháp lý Việt Nam có những đòi hỏi riêng.

Sai lầm phổ biến nhất là điều hành công ty con như một phòng ban của công ty mẹ. Khi công ty mẹ áp đặt giá mua bán nội bộ, phí quản lý hay lãi vay không theo mặt bằng thị trường, doanh nghiệp đối mặt hai rủi ro cùng lúc: cơ quan thuế ấn định lại giá giao dịch liên kết và truy thu thuế, đồng thời nếu sự can thiệp đó gây thiệt hại cho công ty con thì công ty mẹ phải chịu trách nhiệm bồi thường theo Luật Doanh nghiệp.

Rủi ro thứ hai là cấp vốn cho công ty con chủ yếu bằng khoản vay từ công ty mẹ mà bỏ qua trần lãi vay 30%, khiến phần lớn chi phí lãi vay bị loại khỏi chi phí được trừ và đẩy số thuế phải nộp lên cao hơn nhiều so với dự tính.

Rủi ro thứ ba là bỏ sót kê khai chủ sở hữu hưởng lợi hoặc kê khai không chính xác khi làm thủ tục đăng ký. Hệ quả của việc kê khai không trung thực không hề nhẹ.

Rủi ro thứ tư là kẹt dòng tiền khi chuyển lợi nhuận. Công ty con có lãi trên sổ nhưng chưa nộp báo cáo tài chính kiểm toán, chưa quyết toán thuế, hoặc vẫn còn lỗ lũy kế, thì khoản lợi nhuận đó chưa thể chuyển về công ty mẹ. Nhiều tập đoàn lập kế hoạch dòng tiền về chính quốc mà quên các điều kiện tiên quyết này.

Rủi ro thứ năm là chuyển nhượng vốn trong nội bộ tập đoàn hoặc thay đổi cổ đông nước ngoài mà bỏ qua thủ tục đăng ký góp vốn, mua cổ phần khi thuộc diện phải đăng ký. Một giao dịch tái cấu trúc ở cấp tập đoàn đôi khi vẫn làm thay đổi tỷ lệ sở hữu nước ngoài tại công ty con ở Việt Nam, và khi đó nghĩa vụ đăng ký tại Việt Nam vẫn phát sinh.

Vai trò của DEDICA trong đồng hành cùng doanh nghiệp có vốn nước ngoài

Phần lớn rủi ro nêu trên có điểm chung: chúng phát sinh rải rác trong vận hành hằng ngày, ở những thời điểm mà doanh nghiệp chưa có bộ phận pháp lý riêng khó nhận ra kịp. Đây là lúc dịch vụ tư vấn pháp luật thường xuyên, hay phòng pháp chế thuê ngoài, phát huy giá trị. Thay vì chỉ gọi luật sư khi đã có chuyện, doanh nghiệp có một đội ngũ theo sát hoạt động: rà hợp đồng nội bộ giữa mẹ và con theo nguyên tắc giao dịch độc lập, canh các mốc kê khai chủ sở hữu hưởng lợi và giao dịch liên kết, kiểm tra điều kiện trước mỗi lần chuyển lợi nhuận, và cảnh báo sớm khi có quy định mới.

Với DEDICA, mỗi sản phẩm tư vấn đều được luật sư giàu kinh nghiệm kiểm tra trước khi bàn giao, nên doanh nghiệp không phải đánh cược vào một nhân sự pháp lý đơn lẻ. Đội ngũ hỗ trợ song ngữ, quen làm việc với nhà đầu tư và công ty mẹ ở nước ngoài, và có thể kết nối liền mạch sang các mảng chuyên sâu như thuế, M&A, sở hữu trí tuệ hay giải quyết tranh chấp khi phát sinh. Đặt chi phí một gói tư vấn thường xuyên cạnh một lần bị truy thu thuế do giao dịch liên kết hay một hồ sơ đăng ký bị vô hiệu, cán cân chi phí lợi ích thường nghiêng hẳn về phía phòng ngừa.

Mỗi doanh nghiệp có vốn nước ngoài có một sơ đồ sở hữu, dòng vốn và kế hoạch tái cấu trúc riêng, nên các lưu ý 2026 cần được soi vào đúng trường hợp của bạn. DEDICA Law Firm đồng hành cùng doanh nghiệp từ khâu rà soát cơ cấu mẹ con, chuẩn hóa hợp đồng nội bộ và hồ sơ giao dịch liên kết, đến canh các mốc kê khai và điều kiện chuyển lợi nhuận về công ty mẹ. Liên hệ DEDICA để được luật sư tư vấn cho cấu trúc cụ thể của doanh nghiệp bạn.

Nội dung bài viết mang tính tham khảo dựa trên quy định pháp luật tại thời điểm soạn thảo. Mỗi doanh nghiệp có cấu trúc sở hữu và rủi ro pháp lý khác nhau; vui lòng tham vấn luật sư DEDICA để được tư vấn chính xác cho trường hợp của mình.